故事承接一代，南宋大将军之子张如梦与金国国师之女南宫彩虹由仇敌成为爱侣（见《剑侠情缘》剑门关一段），二人远走漠外，不问世事，一晃二十年。其子南宫飞云已经长大成人，年满16岁，文才武功都有了几分火候。为了儿子的前途,夫妇二人决定让儿子离开大漠，去寻找姑母，希望在姑母的教导下逐渐融入社会。

《剑侠情缘Ⅱ》的故事发生在南宋时期金国第二次大举南侵的三年以后。